В связи со спадом производства и неритмичной работой некоторых предприятий в Барнауле отмечено снижение уровня загрязнения водоемов.

По данным городского Центра госсанэпиднадзора, объем загрязняющих веществ, сбрасываемых в водоемы города, снизился с 93 тыс. куб. м в год в 1999 году до 74 тыс. куб. м в 2002 году. В частности, снизился объем сбросов в водоемы по таким показателям как: нефтепродукты, взвешенные вещества, железо, цинк, хлориды, сульфаты, нитраты, фенол.

В результате по общесанитарным, санитарно-токсикологическим показателям качество воды в р. Оби, как источника централизованного водоснабжения населения и культурно-бытового водопользования, соответствует гигиенически нормативам.

По микробиологическим показателям качество воды имеет менее благоприятную характеристику. Наибольшее загрязнение р. Оби бактериями группы кишечной палочки наблюдается в весенний период. Зимний и летний сезоны более благоприятные. Патогенная микрофлора во все сезоны в воде р. Оби не обнаруживается.

В рамках программы "Здоровье Барнаула" в Центральном районе были построены выгребные ямы и прекращен сброс сточных вод в р. Барнаулка. Введены водооборотные системы на ОАО "Барнаул РТИ", ОАО БМК "Меланжист".

В 2002-2003 годах при проведении ремонтных работ и устранении аварий на крупных канализационных коллекторах удалось не допустить массивных загрязнений рек Обь, Барнаулка, Пивоварка сточными водами.

Однако, пока не дают результатов мероприятия по выявлению несанкционированных сбросов хозяйственно-бытовых сбросов в водоемы города.

До сих пор незакончено строительство миниочистительных сооружений и реконструкция КНС-1 по ул. Власихинской. Из-за отсутствия этого важного коммунального объекта ежесуточно в р. Пивоварку сбрасывается 220 куб. м неочищенных хозяйственно-бытовых стоков. Для завершения строительства и реконструкции необходимо 2,7 млн. рублей.